Merkurs Oberfläche ist voller Einschlagskrater in allen Größen, wie man sie auch vom Mond her kennt. Die markanteste Oberflächenstruktur ist das Caloris-Becken mit einem Durchmesser von 1550 Kilometern. Der für diesen Einschlag verantwortliche Körper scheint mit einer enormen Wucht aufgeprallt zu sein, sodass man noch auf der gegenüberliegenden Hemisphäre die Auswirkungen der im Planeten fokussierten Schockwellen glaubt erkennen zu können.
Vulkanismus war auch auf Merkur weit verbreitet. Das Bild zeigt ausgedehnte Ebenen erstarrter Lavaflüsse, Fließfronten, und von Lava geflutete Krater nahe dem Nordpol. (© NASA/JHUAPL/Carnegie Institution of Washington)Ein Phänomen der Merkuroberfläche sind viele hunderte Kilometer lange Geländekanten, sogenannte „scarps“. Sie sind vermutlich ein Ergebnis einer Verringerung des Radius‘ des Planeten um mehrere Kilometer infolge der Schrumpfung Merkurs während der Abkühlphase. Auf dem Merkur gab es vor Milliarden von Jahren intensiven Vulkanismus. Aus langen Rissen quoll, ähnlich wie auf dem Mond, dünnflüssige basaltische Lava und füllte Senken und Kraterbecken auf. Mindestens fünf Prozent des Merkur sind von erstarrten Lavaströmen bedeckt, die Lavadecken am Nordpol haben eine Mächtigkeit von bis zu zwei Kilometern. Der stellenweise starke Vulkanismus auf Merkur überrascht, denn der Gesteinsmantel, in dem die Magmen hierfür erzeugt werden, hat bei einer Mächtigkeit von maximal 430 Kilometern verhältnismäßig wenig Volumen. Eine ebenfalls von der MESSENGER-Mission entdeckte, im Sonnensystem einmalige Geländeform sind nach oben offene, randlose Hohlräume (engl. hollows) mit flachem Boden und hellem Halo, deren Ursprung mit dem Verdampfen flüchtiger Stoffe in der Kruste erklärt werden könnte.
Schon vor MESSENGER zeigten Radarbeobachtungen von der Erde aus, dass die Rotationsachse des Merkur nur geringfügig gegenüber der Bahnnormalen geneigt ist, und dass die Rotation des Planeten während seines Umlaufs um die Sonne zudem relativ große periodische Schwankungen (sogenannte „Librationen“) aufweist. Durch sorgfältige Positionierung von Höhenprofilen des MESSENGER-Laseraltimeters gelang es, diese Beobachtung zu bestätigen. Erstaunlicherweise wurde weiterhin festgestellt, dass Merkur etwa neun Sekunden schneller rotiert als man ausgehend von der Kopplung der Rotations- und Orbitdauer berechnet hatte. Die Daten zur Rotation und die Beobachtungen des großräumigen Merkurschwerefeldes lassen den Schluss zu, dass der äußere feste Gesteinsmantel des Planeten durch eine geschmolzene, äußere Kernregion mechanisch vom festen, inneren Eisenkern entkoppelt ist. Der flüssige äußere Kern wäre die Schicht im Inneren Merkurs, in der das Magnetfeld durch einen aktiven Kerndynamo erzeugt wird.
Merkur ist das Ziel der europäischen-japanischen Raumsonde BepiColombo, die den Planeten mit zwei Suborbitern ab Dezember 2025 untersuchen wird. Die Mission wird den Ursprung und die Entwicklung eines Planeten nahe an seinem Muttergestirn erforschen, vor allem planetare Eigenschaften wie Form, Inneres, Krater, Struktur und Geologie, aber auch Zusammensetzung und Dynamik der Exosphäre sowie das Magnetfeld Merkurs.