Am Äquator treten Windgeschwindigkeiten von 540 Kilometern pro Stunde auf. Der markante Große Rote Fleck gilt als ein isoliertes, gigantisches Wirbelsturmgebiet, das relativ zur Bewegung anderer Atmosphärenstrukturen in der Umgebung zurückbleibt. Im Gegensatz zu kleineren Wirbeln ist der Große Rote Fleck seit seiner ersten Erwähnung vor mehr als 300 Jahren stabil. Erkenntnisse über die Zusammensetzung der Atmosphäre konnten durch spektroskopische Messungen sowohl von der Erde aus, als auch an Bord von Raumsonden gewonnen werden. Zusätzlichen Aufschluss über die obersten Wolkenschichten Jupiters hat die Mission Galileo gebracht, von deren Orbiter aus im Dezember 1995 ein Eintrittskörper mit sechs wissenschaftlichen Experimenten an Bord in die kalte Atmosphäre des Planeten eingetaucht ist.

Derzeit sind 95 Monde bekannt, die Jupiter umrunden. Die vier größten Monde Io, Europa, Ganymed und Callisto wurden 1610 von Galileo Galilei entdeckt. Sie werden ihm zu Ehren „Galileische“ Monde genannt. Galileis Erkenntnis, dass es Trabanten gibt, die um einen größeren Körper kreisen, bestärkte ihn in der Ansicht, dass die zuvor von Nikolaus Kopernikus veröffentlichte Behauptung, dass nicht die Erde im Zentrum des Universums oder mindestens des damals bekannten Sonnensystems stehen könne, sondern die Sonne den Mittelpunkt des Planetensystems bildet, korrekt ist – und die Erde sie als einer von damals sechs bekannten Planeten umkreist.

Io ist der Jupiter am nächsten gelegene der Galileischen Monde. Volumen, Größe und Dichte sind dem Erdmond ähnlich. Io umläuft Jupiter in einem Abstand von weniger als sechs Jupiterradien. Infolge Jupiters enormer Anziehungskraft entsteht durch Gezeitenwirkung Reibungswärme im Inneren von Io. Sie ist um ein Vielfaches stärker als die Wirkung der Erde auf das Innere des Mondes (oder des Mondes auf die Wassermassen).

Europa ist der zweite der Galileischen Monde und etwas kleiner als der Erdmond. Seine Oberfläche weist kaum Einschlagskrater auf und ist wie bei Io vergleichbar jung. Die obersten Schichten bestehen vor allem aus Wassereis, das Gesteins- und Mineralfragmente und möglicherweise auch Salze enthält. Die Höhenunterschiede auf Europa sind gering. Dennoch zeigt die Eiskruste bemerkenswerte Strukturen. Am markantesten sind langgezogene Bergrücken, die sich über ausgedehnte Ebenen erstrecken und in fast allen mittel- und hochaufgelösten Aufnahmen zu sehen sind. Die häufigsten auf Europa vorkommenden Bergrücken sind die sogenannten Doppelrücken (double ridges), die aus zwei parallelen Graten bestehen, zwischen denen ein zentrales Tal verläuft.